Face à des enjeux économiques et environnementaux qui évoluent, Port Atlantique La Rochelle investit dans des filières clés, afin d'adapter ses infrastructures : pâte à papier, céréales et vracs agricoles, et énergies marines renouvelables.
Le Port prévoit ainsi trois opérations d'aménagement portant sur les sites de Chef de Baie, l'Anse Saint-Marc et La Repentie s'inscrivant dans la lignée de son projet stratégique 2014-2019, ainsi que l'amélioration des accès nautiques.
Ce projet majeur pour la compétitivité du Port dans un contexte international extrêmement concurrentiel, soulève également des questionnements légitimes liés à la protection des milieux naturels et aux risques et nuisances potentiellement générés. Suite à la saisine de la Commission Nationale du Débat Public (CNDP), Port Atlantique La Rochelle a mené une concertation préalable du 1er février au 18 mars 2018 pour permettre au public de s'informer et de s'exprimer sur le sujet.