Microbiome https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiome
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est l'« aire biotique » du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant. Wikipedia (FR)

Ce terme est introduit en 2001 par le généticien et microbiologiste américain Joshua Lederberg pour intégrer la notion d'une communauté écologique comprenant symbiotes, commensaux et pathogènes partageant l'espace corporel humain, dans le but de reconnaître leur fonction de déterminants de la santé et de la maladie2.
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d'après Pascale Cossart « on parle de "microbiote" pour désigner l'ensemble des espèces microbiennes présentes dans un environnement, et de "microbiome" quand il s'agit de l'ensemble des gènes présents dans ce microbiote »3.

Concepts scientifiques mobilisés
Le microbiome est l'expression des conditions écologiques de ces milieux (température, pH, teneurs hormonales, en graisses, en protéines, exposition aux UV, absence de lumière, type de muqueuse, etc.), conditions auxquelles vont répondre les communautés microbiennes en cause, individuellement et/ou collectivement, et qu'elles peuvent modifier ou entretenir à court et moyens termes, mais aussi sur le long terme, c'est-à-dire celui de l'évolution, ou plus précisément de la coévolution du microbiote avec ses hôtes.
... embrasse les notions de communauté microbienne, de biodiversité microbienne (en nombre d'individus, les microbes sont les organismes les plus nombreux sur terre4), d'écologie microbienne et d'interactions durables et fonctionnelles entre micro-organismes, entre eux et l'organisme, ou entre eux et différents organes (allant du simple commensalisme jusqu'à la symbiose, endo- ou ectosymbiose).

Il a, de plus en plus, aussi des bases génétiques. Par extension, le microbiome peut également désigner la somme des génomes des micro-organismes vivant dans ou sur un organisme animal ou végétal (hors état pathologique). Un séquençage collectif de ces organismes est possible (métagénomique), applicable à un écosystème complet5.

Cette notion est issue du concept de commensalisme théorisé par Pierre-Joseph van Beneden durant la seconde moitié du XIXe siècle6.
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1. Stéphane Blanc, Gilles Boëtsch, Martine Hossaert-McKey et François Renaud, Écologie de la santé, Le Cherche midi, 2017 (ISBN 9782749154251), p. 184.
2. (en) Joshua Lederberg et Alexa T. McCray, « 'Ome sweet 'omics : a genealogical treasury of Words », Scientist, vol. 15, no 7,‎ 2 avril 2001, p. 8 (lire en ligne [archive], consulté le 8 décembre 2021).
3. Cossart 2016, p. 90.
4. Yeoman, C.J.; Chia, N.; Yildirim, S.; Miller, M.E.B.; Kent, A.; Stumpf, R.; Leigh, S.R.; Nelson, K.E.; White, B.A.; Wilson, B.A.(2011) Towards an Evolutionary Model of Animal-Associated Microbiomes [archive] ; Entropy 2011, 13, 570-594 (résumé [archive]), article publié en licence CC-BY-SA
5. « Définition | Microbiome [archive] », sur futura-sciences.com (consulté le 8 décembre 2021).
6. Brice Poreau, Biologie et complexité : histoire et modèles du commensalisme (Thèse de doctorat en Histoire, philosophie et épistémologie des sciences, des techniques et des technologies), Lyon 1, 4 juillet 2014 (lire en ligne [archive]).
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11 min - Disponible jusqu'au 02/10/2025 - Pays France - Année 2024

La journaliste Marie-Monique Robin dénonce une société ennemie des microbes au gré d'un système axé sur l’hygiène et la propreté… Mais à quel prix ? Marie-Monique Robin en parle dans son enquête “Vive les microbes!”, également adapté en livre.
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